WhereNext gana el reto Ebbe Nielsen 2019 de GBIF

El sistema de código abierto desarrollado por Jorge Velásquez-Tibatá, de Colombia, que optimiza la selección de sitios de muestreo para llenar vacíos en datos de biodiversidad, se hace con la primera plaza del premio anual de incentivos

Velasquez-Ebbe
El ecólogo espacial colombiano Jorge Velásquez-Tibatá es el primer ganador del primer lugar del reto Ebbe Nielsen 2019 de GBIF.

WhereNext, un sistema de código abierto para recomendar áreas óptimas para realizar muestreos y movilizar datos de biodiversidad, desarrollado por el ecólogo espacial colombiano Jorge Velásquez-Tibatá de The Nature Conservancy, es el ganador del Primer Premio del reto Ebbe Nielsen 2019.

WhereNext es una aplicación web interactiva para optimizar el proceso de comparación, selección y llenado de vacíos de datos de biodiversidad basada en herramientas, datos y servicios existentes. Una vez que los usuarios han seleccionado un grupo taxonómico y una región de interés, esta aplicación, disponible como paquete de R, genera modelos que permiten recomendar nuevas áreas de muestreo. Las recomendaciones se basan en las diferencias esperadas en la composición de especies a lo largo de gradientes ambientales.

Este enfoque, conocido como modelamiento generalizado de disimilitud (ver Ferrier et al. 2007), permite identificar los sitios más distintos, desde un punto de vista biológico, a sitios previamente muestreados. Las áreas resultantes son potencialmente las mejores candidatas para complementar muestreos existentes, priorizar la movilización de datos e incluso encontrar especies nuevas para la ciencia.

"Espero que WhereNext ayude a los investigadores a planear nuevas expediciones biológicas e iniciativas de ciencia ciudadana que complementen de manera óptima el conocimiento existente sobre biodiversidad, al tiempo que revelen y protejan la biodiversidad no descrita", dijo Velásquez. "Para desarrollarlo, me inspiré en las iniciativas de muestreo existentes en mi país y me planteé cómo crear un sistema basado en datos para optimizar la selección de sitios que fuera lo suficientemente flexible para tener en cuenta contingencias a campo como la accesibilidad".

Velásquez espera colaborar con otros científicos para desarrollar futuras versiones de WhereNext, que puedan extraer datos de otros repositorios de datos globales y mejorar el soporte para análisis de grandes conjuntos de datos.

Como ganador del primer puesto este año, Velásquez recibirá 10.000 € de un total de 32.500 € en premios.

Tres equipos comparten el segundo premio y otros cinco el tercero

El jurado de este año seleccionó tres equipos más como ganadores de la segunda plaza, por lo que recibirán un premio de 5.000 € cada uno.

occCite: Herramientas para Habilitar la Cita Integral de Datos de Biodiversidad es un conjunto de herramientas basadas en lenguaje de programación R que permiten descargar, gestionar, sintetizar y citar datos de biodiversidad, para completar así el ciclo de citas de los datos. Desarrollado por Hannah L. Owens del Centro de Macroecología, Evolución y Clima, Instituto GLOBE, de la Universidad de Copenhague y por cuatro colegas de EE.UU., Cory Merow de la Universidad de Connecticut, Brian Maitner de la Universidad de Arizona y Vijay Barve & Rob Guralnick del Museo de Historia Natural de Florida, este conjunto de herramientas conserva las conexiones entre los registros de datos y sus proveedores originales a lo largo de todo el flujo de procesamiento de los datos, con el fin de reconocer y alentar a estos proveedores originales de datos para que continúen su duro trabajo de contribución a los datos abiertos.

Organella ofrece una interfaz experimental que proporciona formas visualmente más amigables para acceder y explorar los datos de biodiversidad dirigida a usuarios no especialistas y principiantes. El equipo de Andrea Biedermann, Diana Gert, Dimitar Ruszev & Paul Roeder de la Universidad de Ciencias Aplicadas de Potsdam, en Alemania, creó estas nuevas formas mientras exploraban patrones de visualización de los datos y diseño de interacciones que permitían operar con datos sin depender de convenciones como listas desplegables, entradas de textos y controles deslizantes.

Rapid Least Concern: Evaluaciones automáticas de plantas con bajo riesgo de amenaza según la Lista Roja de Especies Amenazadas de la UICN (Lista Roja) presenta un enfoque repetible, auditable y escalable para acelerar y ampliar la evaluación de especies de plantas a la luz de la actual crisis de biodiversidad. Desarrollado por Steven Bachman, Barnaby Walker y Justin Moat del Real Jardín Botánico de Kew, en el Reino Unido, ’RapidLC’ genera automáticamente todos los datos requeridos por una evaluación de la categoría "Preocupación Menor" según la Lista Roja de la UICN, agilizando el proceso de Lista Roja para plantas y ofreciendo un enfoque potencial para otros grupos megadiversos tales como hongos e invertebrados.

El jurado también nombró a cinco equipos más como ganadores del tercer premio, los cuales recibirán 1.500 € cada uno. Estas contribuciones se describen a continuación.
• Agile GBIF Publishing
• Biodiversity Information Review and Decision Support: el paquete BIRDS para R
• naturaList
• GB Sifter: Un filtro de datos de GBIF a GenBank
• GeoNature-atlas: Publica un atlas online de biodiversidad con datos de GBIF de tu área

El Reto Ebbe Nielsen es un premio anual de incentivos en memoria del Dr Ebbe Schmidt Nielsen, líder inspirador en el campo de la biosistemática y la informática de la biodiversidad y uno de los principales fundadores de GBIF.

Ganadores de los premios del Reto Ebbe Nielsen 2019 de GBIF

Ganador del Primer Premio

WhereNext: un sistema de recomendaciones para identificar prioridades en los sitios de muestreo basado en el modelamiento generalizado de disimilitud

WhereNext es un paquete de R y una aplicación Shiny que guía a los usuarios en el proceso de desarrollo de un Modelo Generalizado de Disimilitud (GDM, por su sigla en inglés) para grupos taxonómicos y regiones arbitrarios y recomienda de manera interactiva sitios de muestreo que complementan a los ya muestreados. Para construir GDMs, se conecta a datos globales de biodiversidad (GBIF) y a otros repositorios ambientales (WorldClim) y ofrece herramientas para mejorar la calidad de los datos mediante la implementación de rutinas de limpieza de los datos y procedimientos de selección de variables ambientales, así como para identificar lugares de muestreo más completos.

Ganadores del Segundo Premio


occCite: Herramientas para Habilitar la Cita Integral de Datos de Biodiversidad

OccCite es un conjunto de herramientas basadas en lenguaje de programación R que permiten descargar, gestionar, sintetizar y citar datos de biodiversidad, para completar así el ciclo de citas de los datos. Estas herramientas conservan las conexiones entre los registros de datos y sus proveedores originales a lo largo de todo el flujo de procesamiento de datos basado en R. OccCite también facilita que se cite a los proveedores originales de datos en artículos científicos y otras publicaciones. El equipo espera que sus esfuerzos aseguren que los proveedores originales de datos reciban crédito por el duro trabajo que realizan colectando y publicando datos, mientras los alienta a continuar contribuyendo a los esfuerzos continuos de agregación de datos.

Organella
La interfaz de usuario experimental para datos de la red de GBIF fue originalmente creada por el equipo en un seminario sobre interfaces de datos. Inspirada en el reto de proporcionar a principiantes un acceso visual a información crítica para abordar retos ambientales globales, Organella permite a los usuarios sin conocimientos específicos de biología o taxonomía a manipular, utilizar y entender datos de biodiversidad complejos.

Rapid Least Concern: Evaluaciones automáticas de plantas con bajo riesgo de amenaza según la Lista Roja de Especies Amenazadas de la UICN (Lista Roja)
El proceso integral de evaluación del riesgo de extinción de plantas según la Lista Roja de la UICN supone un factor limitante en la conservación de especies, dado que la tasa anual de evaluaciones raramente coincide con la tasa de nuevas plantas descritas. RapidLC proporciona un flujo de trabajo repetible, auditable y escalable para acelerar la producción de evaluaciones de plantas con categoría de Preocupación Menor según la Lista Roja de la UICN.
La herramienta accede a fuentes de datos tanto de GBIF como de Plants of the World Online (un importantísimo recurso taxonómico gestionado por el Real Jardín Botánico de Kew) y genera estadísticas que pueden determinar de manera precisa si una especie puede clasificarse como Preocupación Menor o no. Una vez hecho esto, RapidLC automatiza la documentación de especies en categoría "Preocupación Menor", en efecto, acelerando estas evaluaciones para que evaluadores capacitados en Lista Roja puedan centrar sus esfuerzos en las especies que se espera se sitúen bajo algún grado de amenaza. RapidLC también destaca el potencial para la aplicación de este enfoque en otros grupos megadiversos e sub-evaluados, como los hongos y los invertebrados.

Ganadores del Tercer Premio

Agile GBIF Publishing
Este módulo para plataforma EarthCape reduce las barreras para compartir datos de investigaciones y colecciones, habilitando la publicación en GBIF de bases de datos personales mediante un clic a través de Zenodo. Además del módulo, permite a los investigadores publicar sus datos sin interrumpir otros flujos de trabajo al tiempo que elimina la necesidad de configurar una instancia de GBIF IPT u otro programa o presencia en línea.

Biodiversity Information Review and Decision Support: el paquete BIRDS para R
Este paquete -producido por un equipo que incluye al ganador del Reto Ebbe Nielsen 2016- facilita una revisión integrada de dimensiones espaciales y temporales de un conjunto dado de datos primarios de biodiversidad. Mediante la exploración de un número de variables relacionadas con el esfuerzo y la cobertura (vacíos de datos) muestral, BIRDS analiza y visualiza sistemáticamente la adecuación de los datos para su uso posterior, ayudando a tomar decisiones sobre su uso en posteriores análisis.

GB Sifter: Un filtro de datos de GBIF a GenBank
Esta aplicación web basada en R permite a los usuarios buscar por regiones -o taxón- registros específicos a través de la red de GBIF, relacionándolos con varias capas bioclimáticas y ecológicas en mapas, y a continuación consultar marcadores filogenéticos para especies de interés en GenBank. Este flujo de trabajo proporciona un método para explorar la infraestructura de datos abiertos relevantes para estudiar la evolución de los rasgos en contextos filogenéticos y ecológicos.

naturaList
naturaList automatiza el proceso de clasificación de registros de presencia de GBIF basándose en seis grados de confianza en sus identificaciones de especies. Los usuarios sin experiencia taxonómica puede utilizar la herramienta para mejorar la calidad de los datos y comprobar la escala de su análisis, filtrando los registros más adecuados para sus propósitos basándose en criterios bien definidos.

GeoNature-atlas: Publica un atlas online de biodiversidad con datos de GBIF de tu área
Sobre la base de esfuerzos previos para publicar datos de biodiversidad de parques nacionales franceses, este equipo pretende mostrar cómo los servicios web de GBIF pueden apoyar el acceso sencillo a conocimientos locales sobre biodiversidad. Grupos a cualquier escala -países, estados, ciudades- pueden publicar un atlas online de biodiversidad permitiendo a los ciudadanos de cualquier lugar descubrir la riqueza de la biodiversidad local, las amenazas que enfrenta y la importancia de su conservación.

Jurado del Reto Ebbe Nielsen 2019

  • Greg Riccardi (chair), Florida State University
  • Peter Brenton, Atlas of Living Australia
  • Rachel Tierney, Scottish Wildlife Trust
  • Dave Martin, Atlas of Living Australia
  • Lars Francke, OpenCore
  • Dave Remsen, Marine Biological Laboratory
  • Roderic Page, University of Glasgow
  • Andre Heughebaert, Belgian Biodiversity Platform
  • Anders G. Finstad: Norwegian University of Science and Technology
  • William Ulate, Missouri Botanical Garden
  • Philippe Grandcolas: Centre National de la Recherche Scientifique | Muséum national d'Histoire naturelle
  • Jurate De Prins: Royal Belgian Institute of Natural Sciences
  • Eduardo Dalcin, Rio de Janeiro Botanical Garden Research Institute
  • Dag Endresen, University of Oslo Natural History Museum | GBIF Norway
  • Anabela Plos, Argentine Museum of Natural Sciences (MACN-CONICET) | GBIF Argentina
  • Paul Morris, Harvard University Herbaria and Museum of Comparative Zoology