El sistema de Alerta GBIF generado en Bélgica gana el Desafío Ebbe Nielsen 2023

El sistema de notificación de ocurrencia de especies lidera el camino, con las mejoras de Datos sin Fricción en Bionomia obteniendo el segundo lugar y el tercer lugar compartido por Biblioteca de Recursos de Identificación y Mapeador de Datos Abiertos de Biodiversidad

Ebbe-2023
Illustration of a Japanese horseshoe crab Tachypleus tridentatus(Leach, 1819) from Fauna japonica v.1 Crustacea (1823-1830) via Biodiversity Heritage Library, no rights reserved under CC0.

Alerta GBIF, un sistema flexible de código abierto para notificar a los usuarios sobre la disponibilidad de registros de nueva aparición a través de GBIF, ha sido seleccionado como el ganador del primer premio del 2023 Desafío GBIF Ebbe Nielsen.

Los miembros del equipo belga responsables de GBIF Alert, dirigido por Nicolas Noé de El bosque binario, no son extraños para la comunidad GBIF o para el podio de los ganadores del Desafío. Noé formó parte de un equipo de tres personas que ganó el premio inaugural del Desafío en 2015 junto con Peter Desmet del Instituto de Investigación para la Naturaleza y los Bosques (RIOC), que se ha unido nuevamente a él aquí. Lien Reyserhove y Damiano Oldoni de la RIOC también se asociaron con Desmet en su entrada conjunta al primer lugar de 2018. Los colegas de la RIOC Tim Adriaens y Bram D’Hondt completan los miembros del equipo ganador de este año.

Datos sin Fricción de Bionomia, presentado por David Shorthouse, ganó el segundo premio por una nueva función de exportación que respalda las mejoras continuas en la calidad de los datos de los registros de especímenes de colecciones científicas. Dos entradas que compartirán el tercer lugar cierra la lista de ganadores para 2023:

El jurado, encabezado por Birgitte Gemeinholzer, profesora de botánica en la Universidad de Kassel y actual presidente del Comité Científico del GBIF, seleccionó a los ganadores del Desafío de este año de un grupo de 12 presentaciones calificadas. Este premio de incentivo anual honra la memoria del Dr. Ebbe Schmidt Nielsen, un entomólogo danés-australiano que fue uno de los principales fundadores de GBIF y un líder inspirador en biosistemática y en la comunidad de informática de la biodiversidad.

Las asignaciones del premio anual de 20.000 € otorgarán al equipo del primer lugar 8.000 €, 6.000 € al segundo lugar y 3.000 € cada uno para los ganadores del tercer lugar.

Ganadores del Desafío de Ebbe Nielsen GBIF 2023

Primer premio
Alerta GBIF: un sistema de alerta de sucesos basado en GBIF de código abierto

Esta herramienta reutilizable de código abierto demuestra cómo utilizar GBIF.org como sistema para notificar a los usuarios sobre registros de ocurrencia recientemente disponibles para cualquier especie o ubicación de interés. Si bien se puede implementar y configurar para generar alertas para cualquier combinación de taxones, áreas o conjuntos de datos de origen específicos, el caso de uso más probable del sistema se centra en la gestión de especies exóticas invasoras (EEI).

Los responsables de las políticas y los responsables del control de la propagación de las IEE requieren un acceso rápido a la información sobre la aparición de nuevas ocurrencias de especies preocupantes, ya sea en áreas conocidas de introducción o nuevas. Alerta GBIF puede mantenerlos informados sobre registros nuevos (o nuevos para GBIF) de sus especies de interés, activando notificaciones por correo electrónico seleccionadas a través de una interfaz de usuario sencilla e intuitiva. La demostración presentada para el Desafío está configurada para monitorear el índice de ocurrencia de GBIF para detectar nuevos registros de especies invasoras en América del Norte.

"Alerta GBIF surgió directamente de la experiencia de desarrollar Life RIPARIAS, un sistema de alerta temprana de código abierto basado en GBIF dirigido a algunas plantas ribereñas invasoras y cangrejos de río en algunas partes de Bélgica. Una vez que nos dimos cuenta de que una configuración más flexible y menos codificada sería útil para muchos otros equipos en todo el mundo, nos pareció mal guardárnoslo para nosotros, por lo que pusimos un esfuerzo extra” mencionó Noé. “Nuestra felicidad y sorpresa al ganar el primer premio nos ha dado el impulso de invertir en otras herramientas informáticas sobre biodiversidad con el mismo espíritu de código abierto, y nos encantaría ver la funcionalidad de Alerta GBIF integrada directamente en GBIF.org."

video | GitHub | demostración de Alerta GBIF para Estados Unidos. invasoras

Segundo Premio
Datos sin Fricciones de Bionomia

Esta presentación, generada por el informático canadiense sobre biodiversidad David Shorthouse es la única ganadora del segundo premio del Desafío 2023. Bionomia, la plataforma que lanzó por primera vez hace cinco años, aprovecha identificadores persistentes de ORCID y Wikidata para permitir a los "escribas" voluntarios anotar registros de especímenes compartidos en GBIF.org, aclarando los créditos que otorgan a los recolectores de especímenes individuales. e identificadores. En el proceso, ha provocado debates más amplios sobre cómo reconocer y recompensar mejor la experiencia necesaria para reunir, mantener, digitalizar y conservar el conocimiento de las colecciones científicas del mundo.

La presentación de Shorthouse al Desafío 2023 ha descrito una nueva característica que prepara automáticamente Paquetes de Datos sin Fricciones de atribuciones de recopiladores e identificadores en Bionomia para cada conjunto de datos. Confiar en este formato simple y conveniente facilita que un administrador de colecciones importe las atribuciones de Bionomia a un sistema de gestión de colecciones local y comparta registros recientemente actualizados y mejorados, creando un ciclo virtuoso de "ida y vuelta" de mejoras en la calidad de los datos.

La selección de Bionomia por parte del jurado destaca el valor de incorporar nuevas funciones a las herramientas existentes. Mientras tanto, los gestores de datos que actualmente están mejorando la calidad de los datos de sus colecciones con las atribuciones de Bionomia compartirán sugerencias y lecciones aprendidas el 6 de diciembre de 2023 durante un taller virtual de medio día sobre ida y vuelta, para el cual la inscripción ya está abierta.

"Estos nuevos resultados ayudan a demostrar el valor institucional de Bionomia y ofrecen un retorno positivo de la inversión para la digitalización y transcripción de los especímenes", afirmó Shorthouse. "Los identificadores únicos persistentes para las personas pueden parecer elementos livianos para heredar, pero sirven como pasaportes hacia la procedencia, las microhistorias y los hilos emotivos que vinculan a las personas que sentaron las bases de nuestras colecciones de historia natural con sus redes de apoyo, qué recolectaron, dónde estuvieron y nuestro planeta compartido. Espero que todas las colecciones que comparten datos en GBIF puedan utilizar el servicio de ida y vuelta de Bionomia para ayudar a fortalecer sus propias redes locales"

video | GitHub

Tercer Premio
Biblioteca de Recursos de Identificación

Esta plataforma web desarrollada por el biólogo y programador holandés Lars Willighagen combina dos servicios web que guían a los científicos ciudadanos hacia claves taxonómicas adecuadas para ayudarles a identificar los organismos que ellos mismos observan. Actualmente Willighagen está inscrito como estudiante de máster en el Instituto Radboud para Ciencias Biológicas y Ambientales (RIBES) de la Universidad Radboud en Nijmegen, Países Bajos.

Un catálogo legible por máquinas de obras de referencia taxonómica de dominio público, que van desde simples guías pictóricas hasta publicaciones seriadas completas, proporciona el primer servicio subyacente. Este repositorio bibliográfico contiene metadatos sobre las obras de referencia e información sobre su alcance e integridad taxonómica y geográfica. Siempre que sea posible, la lista completa de nombres que aparecen en los trabajos se extrae y se asigna a la taxonomía principal de GBIF utilizando la API de GBIF.

Los usuarios acceden al segundo servicio más visible ingresando la ubicación y el nombre científico de una observación que necesita identificación. Los resultados de la búsqueda arrojan publicaciones de referencia potencialmente relevantes en el catálogo y estimaciones de su utilidad para verificar la identidad de la observación. Las estimaciones de idoneidad se basan en la API de GBIF para componer una lista de verificación de todas las especies encontradas en la ubicación geográfica de búsqueda, que se puede comparar con las listas de taxones de las publicaciones. El uso de los datos disponibles se adapta a los cambios en la distribución de especies a lo largo del tiempo, dado que las claves más antiguas centradas en taxones específicos de regiones objetivo pueden volverse inadecuadas, mientras que otras restringidas a diferentes regiones se han vuelto adecuadas.

video | Buscar Recursos de Identificación | Catálogo | GitHub: Búsqueda de Recursos | GitHub: Catálogo

Tercer Premio
Mapeador de Biodiversidad de Datos Abiertos

Al preservar algunas de las fortalezas y características únicas de los métodos de recopilación contrastantes en los conjuntos de datos subyacentes y acomodarlos dentro de un marco estadístico único, en lugar de simplemente agrupar registros y aplanar sus diferencias, Open Data Biodiversity Mapper mejora las visualizaciones ISDM resultantes.

La herramienta actualmente genera mapas de intensidad de especies para cuatro grupos taxonómicos diferentes en el condado de Trøndelag en el centro de Noruega, pero el equipo está escalando actualmente la herramienta para producir mapas para toda Noruega. While intended to make the ISDM approach accessible to groups without the necessary data wrangling skills, access to the scripts and step-by-step instructions for using them should enable users with some knowledge of GitHub, GBIF and R to create localized versions of the tool for other target taxa.

video | GitHub

Jurado del Desafío Ebbe Nielsen 2023