rgbif es un paquete de R de rOpenSci que permite buscar y recuperar datos desde GBIF. rgbif permite relacionar el código R con la API de GBIF lo que permite la comunicación entre GBIF y R y permite acceder a metadatos, nombres de especies, y registros biológicos.
Instalar el paquete en R es simple:
> install.packages("rgbif")
Una vez instalado, rgbif te permite fácilmente
- obtener datos de registros biológicos únicos
- recuperar múltiples registros biológicos
- buscar nombres de taxones
- generar mapas de registros biológicos
La totalidad de las funciones se describen en el tutorial de rgbif. El paquete de rgbif además es parte de la suite SPOCC Species Occurrence Data , que provee el acceso a registros biológicos de múltiples bases de datos.
Citando los datos recuperados a través de rgbif
Nota: GBIF recomienda usar un conjunto de datos derivado para citar los datos obtenidos mediante llamadas sincrónicas a la API como las que utiliza rgbif en occ_data() y occ_search().
Para los datos obtenidos usando las rutas occ_download(), se puede utilizar gbif_citation() para recuperar el DOI.
La librería rgbif incluye una función, *gbif_citation()*que le ayudará a citar correctamente los datos descargados de GBIF. Para usarlo, simplemente pase una clave de registro biológico, de conjunto de datos, o los resultados de una llamada a las funciones occ_download_get.
Ejemplos:
Escribe el archivo CSV que contiene el resumen de los conjuntos de datos a usar con la herramienta Conjunto de Datos Derivado
> myData<-occ_data(taxonKey=10709636)
> datasetCounts<-myData$data %>% count(datasetKey, sort=TRUE)
> write.table(datasetCounts, "~/derivedDatasetCounts.txt",col.names=FALSE, row.names=FALSE,sep=",")
Obtener una cita para un registro biológico único pasando la clave del registro como argumento
> gbif_citation(x=1265576727)
<<rgbif citation>>
Citación: iNaturalist.org (2017). Observaciones de grado de investigación de iNaturalist.
Conjunto de datos de registro biológico https://doi.org/10.15468/ab3s5x accesado vía
GBIF.org el 2017-10-25.. Accesado desde R vía rgbif
(https://github.com/ropensci/rgbif) el 2017-10-25
Derechos:
Obtener una cita para un conjunto de datos, pasando la clave del conjunto de datos como argumento
> gbif_citation(x='d52d01f6-7472-4dbf-9ea8-a33c343255ac')
<<rgbif citation>>
Citación: Moeslund J E (2016). Datos de vegetación de áreas protegidas en
Dinamarca (§ 3 de la Ley Danesa de Protección de la Naturaleza). Versión 8.1.
Departamento de Biociencia, Universidad de Aarhus. Conjunto de datos de registros biológicos
https://doi.org/10.15468/ar7pbr accesado vía GBIF.org el 2017-10-25..
Accesado desde R vía rgbif
(https://github.com/ropensci/rgbif) el 2017-10-25
Derechos:
Obtenga cita para descargas asincrónicas, pasando los resultados de una llamada a la función occ_download_get:
> my_download<-occ_download_get("0005737-171002173027117",overwrite=TRUE)
Tamaño de archivo de descarga: 0.26 MB
En disco en/tmp/0005737-171002173027117. ip
> gbif_citation(my_download)
$download
[1] "Descarga de registro biológico de GBIF https://doi. rg/10.15468/dl.j0ehrr Accesado desde R vía rgbif (https://github.com/ropensci/rgbif) en 2017-10-18"
...
Sin embargo, esta respuesta también incluirá citas individuales de aportes de conjuntos de datos. La cita previa que contiene el DOI incluirá referencias a cada uno de estos, incluyendo información sobre qué registros específicos fueron incluidos en la descarga.
Obtenga una cita para descargas, pasando los resultados de una llamada a la función occ_download_meta:
> my_download_metadata<-occ_download_meta("0005737-171002173027117")
> gbif_citation(my_download_metadata)
$download
[1] "Descarga de registro biológico de GBIF https://doi.org/10.15468/dl.j0ehrr Accesado desde R vía rgbif (https://github.com/ropensci/rgbif) el 2017-10-18"
...